Touch ID หรือระบบสแกนลายนิ้วมือนับเป็นจุดขายอย่างหนึ่งของ iPhone 5s เลย เพราะอุปกรณ์รุ่นใหม่ไม่ว่าจะเป็น iPad Air หรือ iPad Mini (Retina) ก็ไม่มี Touch ID ทั้งสิ้น แต่ด้วยความโชคร้ายหรืออย่างไรก็ตาม เริ่มมีผู้ใช้งานบางกลุ่มรายงานความผิดพลาดของ Touch ID ซะแล้ว
บล็อกเกอร์อิสระ Dr. Drang ได้เขียนเล่าประสบการณ์เกี่ยวกับการใช้งาน Touch ID โดยเขาระบุว่าทำงานได้รวดเร็วมาก อีกทั้งยังใช้เวลาน้อยลงด้วยเมื่อเทียบกับการใส่รหัส (Passcode) แบบเดิม ซึ่งเขาเริ่มใช้งาน Touch ID ตั้งแต่วันแรกที่ได้เครื่องคือเมื่อเดือนตุลาคม เขาก็เขียนรายงานลงบล็อกว่า เมื่อระยะเวลาผ่านไป ความแม่นยำของ Touch ID ก็น้อยลงไปเรื่อยๆ จนต้องมาเซ็ตรายนิ้วมือใหม่ทุกครั้ง
อย่างไรก็ตาม ผู้ใช้งานบางกลุ่มก็บอกว่ายังไม่พบปัญหากับการใช้งาน Touch ID ยังใช้ได้ดีอยู่ไม่มีปัญหาอะไร และ Apple เคยแจ้งไว้ว่าลายนิ้